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微生物菌肥的作用主要取决于其所含的大量有益微生物的生命活动，在这些有益微生物繁殖和代谢旺盛的情况下，才能不断形成物质转化和代谢产物。
与其他肥料不同，微生物是以氮、磷、钾等主要元素的形式和数量为基础的，由于微生物肥料是一种活化剂，因此其肥效与活化剂的数量、强度及周围环境条件密切相关，包括温度、水分、酸碱度、营养条件和原生活在土壤中的土壤排斥作用都有一定的影响，所以在使用时应引起重视。
选择质量合格的微生物肥料，不能使用质量低、有效细菌数量达不到规定指标、杂菌含量高或过期的产品，施用时尽量减少肥料中微生物的死亡，应避免阳光直射菌肥，混合时在阴凉处操作，混合后立即播种，立即复盖土壤，一般菌肥不得与有害农药、化肥混合。
在酸性土壤上施用时，应在施用前中和土壤酸度，当土壤过于干燥时，应及时浇水，大雨过后，应及时清除田间积水，提高土壤渗透性，根据土地条件推广应用不同的微生物菌肥料，微生物肥料应广泛应用于豆科作物，磷、钾类微生物肥料应用于养分潜力高的土壤。
要及时施用，如果长时间不使用，其他细菌可能会侵入袋子，改变肥料中的微生物菌群，影响其使用效果，避免在高温干旱条件下使用，微生物肥料中的微生物在高温干旱条件下会受到生存繁殖的影响，无法发挥良好的作用。
应选择阴天或晴天晚上施用，并结合土壤覆盖、粪便覆盖、浇水等措施，避免微生物肥料因阳光直射或水分不足而难以发挥作用，避免与未分解的农家肥料混合。与未分解的有机肥料混合会在高温下杀死微生物，影响微生物肥料的发挥。
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